由于宏观上以土地制度为核心的城乡二元体制性障碍没有破除，农村集体产权主体虚置，权责不清，分配不公，治理混乱，挫伤了农民发展的积极性。“城市化越深入，集体资产保值增值越困难”，“集体资产越增长，农村矛盾越尖锐”的议论十分普遍。总体来说，我国农村集体产权制度改革面临三个问题：
一是相关的法律法规不完善，造成新型集体经济组织的法律地位不明确。当前，国家和地方对农村集体经济组织（特别是改革后的新型集体经济组织）还没有相应的法律。以北京市为例，《北京市农村集体资产管理条例》对改革后形成的新型股份合作经济组织也没有做出立法规范，导致新型集体经济组织登记管理不统一、投资主体不明确、税收优惠不能落实。
二是新型集体经济组织的运行管理不够规范。新型集体经济组织虽然普遍设立了股东代表大会、董事会和监事会等组织机构，但是在实际运行中，往往无法真正发挥作用，流于形式。如海淀区的调研显示，民主管理架构没有实际运行，集体资产仍由村“两委”按惯例经营管理。门头沟区调研显示个别村改制后，年终分红时还习惯采用产权制度改革前的福利分配方式，不能充分调动股东参与民主管理的积极性。
三是集体经济发展水平有待提高。从北京市整体情况看，农村集体经济发展与城乡一体化发展的形势还不相适应，与农民的期盼还有较大差距，全市只有不到三分之一的村集体实现了按股分红。
针对上述问题，建议：
1.启动立法、修法调研，完善规章制度。请相关部门根据深化改革的需要，认真总结已有经验，梳理归纳改革中的问题，尽快启动建立健全农村集体财产管理等相关法律法规的调研工作。新法规要从股份合作制的本质属性出发，就新型集体经济组织的法律地位、成员身份界定、集体土地及其他财产的评估量化、股权设置、经营管理体系建设、外部监督管理制度等重要内容进行规范。
2.加大新型集体经济组织的规范管理力度。加快研究制定加大新型集体经济组织规范化管理力度的办法和措施。同时，指导集体持股比例较高的村减持集体股比例，组织早期完成改革的村开展股权继承、流转试点，进一步明晰股东产权，探索股东的进退机制。
3.提供政策支持，为集体经济发展创造条件。积极研究促进集体经济发展的相关政策，加大对新型集体经济组织的扶植力度。根据不同类型地区的区位优势和产业结构，有针对性的探索集体经济发展的途径和方法。比如可以在深化土地制度改革、加大税收优惠、加大公共财政投入、鼓励优秀人才进入新兴集体经济组织从事经营管理等方面推出相关扶植政策。